Таткото на Јован Котески, Васил Котески бил печалбар-шеќерџија на работа во Братислава, Словачка. Во 1948 година, татко му бил затворен од страна на словачкото Информбиро и осуден на долгогодишна робија, поради тоа што во станот кадешто пребивал му нашле слика од Тито (што е иронично, затоа што на Јован Котески, 40 години подоцна му се суди точно во име на режимот на Тито).
Со татко му, Јован Котески се сретнал двапати во животот, еднаш на седум, и вторпат на 26 години. За втората средба од 1958 Јован Котески пишува како за трауматско искуство на синот кој не го препознал татка си: „При враќање, се јавил кај една моја тетка, а таа го довела во мојот ќумез, кај што престојував под кирија како студент. Приквечер, кога се вратив од факултет, во собата гледам – гостин. И еве една прегратка на еден опустен, тегобен живот.“
(Од разговорот со Санде Стојчески: Јован Котески: Избрани дела, том 3, Три, Скопје, 2003, стр.23).